Mol2Mol   5.3

A különböző molekulamodellező programok jó tíz éve kezdtek elterjedni. Gyakorlatilag mindegyik saját nyelvet haszznált, vagyis a molekula szerkezet elmentésére, tárolására saját fájlformátumot használt. Ez nagyon gátolta az információcserét az egyes alkalmazások között. Bár azóta néhány formátum általánossá vált, másrészt a programok maguk is több féle formátumot értenek, még mindig gyakran van szükség a fájl formátumok konverziójára. E végből készítettem a Mol2Mol programot, amely a kezdeti egyszerű freeware DOS programból eléggé nagyra nőtte ki magát, s folyamatosan fejlesztés alatt van. A shareware program jelenleg a ShareIt! cégen keresztül érhető el.

A Mol2Mol jelenleg mintegy 40 különféle kémiai fájlformátumot olvas (a legtöbbet automatikusan felismeri) és ír, egyszerű grafikus modult is tartalmaz a molekulák megtekintéséhez. A fájl konverzió nem csak egyszerű adat formálást, kiiratást jelent, hiszen a különböző programok különféle adatokat adnak illetve adatokra van szükségük. Például egy kristályszerkezetet tartalmaazó fájl csak koordinátákat tartlamaz. Az átalakítás során meg kell keresni a kötéseket, azonosítani kell az atomok hibridállapotát, a kötésrendet, ami néha egyszerű, máskor – például konjugált heterogyűrűs rendszerekben – egyáltalán nem az. Szükség lehet a hidrogén atomok automatikus hozzáadására, a vegyérték és geometria figyelembe vételével. Igy elég sok kémiai intelligenciát is programozni kellett.

A Mol2Mol a fájlkonverzión túlmenően sok egyéb segédfunkciót is tartalmaz. Egyesekkel más modellező programokban is gyakran találkozhatunk (pl. a különböző vegyértékszög és kötéshossz számítások), másokkal már kevésbé, pl. atomok piramidalitásának, gyűrűk planaritásának számítása.

Bővebbet lásd:

a Mol2Mol honlapján, aki nem szeret túl sokat olvasni, itt egy rövid összefoglalást is talál, vagy részletesen a "Mol2Mol in a nutshell" pontban.
POV-Ray felhasználóknak: POV-Ray és Mol2Mol.

Vissza